西南河流源區是我國重要的水資源戰略儲備區、水電能源基地和生态安全屏障，生态保護與資源開發的矛盾尖銳，特别是高壩大庫工程和梯級開發引起的河流環境影響及生态風險日益突出。科學評估水電開發下西南河流環境質量演變、創新突破高壩大庫梯級開發的生态保護與恢複技術，是國家能源保障和生态文明建設的重大需求。

發揮學科流域水資源保護與生态修複方面的特色優勢，依托國家重點研發計劃、基金委重大研究計劃等重大科研項目，強化地球科學、生命科學、生态學的交叉融合，聚焦西南源區金沙江、瀾滄江、怒江、雅魯藏布江等大河流域物質能量流過程演變、生物生境響應、河流生态保護與修複研究重點，建成西南缺資料區重要河流生物生境資源數據庫，創新河流生源物質輸移通量研究方法，定量解析了梯級開發對河流生源物質輸移的截留/釋放效應，揭示了藻類、原生動物等重要生物對水電開發的響應機制，研發了河流适宜生物生境營造、庫灣區水體水質改善等關鍵技術與設備，提出梯級開發河流生态水頭與生态流量協同保障理念，構建了環境友好型梯級水電開發生态建設模式，為水電站科學規劃和合理調度提供重要支撐。成果在30餘項重大水利工程論證、河流生态健康評價、生物生境保護修複中應用，取得顯著社會經濟和生态效益。研究團隊深入水利主管部門、設計研究院等單位，培訓技術人員千餘人，顯著提升在水能資源開發和生态文明建設中的支撐作用。成果獲得中國大壩工程學會科技進步一等獎。